Jw_cad で「DXF形式で保存」をされるのでしたら、線色の画面表示色ではなく、プリンタ出力要素の方の色になりますのでご注意を。
AutoCAD 2004形式までの 255色に近い色になると思います。
AutoCAD 2007形式以降のフルカラーには対応してませんから、完全に同じ色にはならないと思います。
JacConvert でJWW→DXFの変換をされるのでしたら、DXF保存時の設定で「表示色」を「255色」にすると、AutoCADの 255色に近い色になると思います。JacConvert はフルカラー対応のAutoCAD 2007形式以降には対応していないと思いますので、完全に同じ色にはならないと思います。
当方のソフトも同じく AutoCAD 255色に近いよう補正を掛けていますので、完全に同じ色にはならないと思います。
その他のCADソフトや変換ソフトについては所持／使用していないのでわかりません。
Pro/TRANSは有料ソフトですが体験版があるそうですので試してみられるのも良いかもしれません。
http://www.ustage.net/cad/protrans/index.asp