Jw_cad から印刷→PDF変換ソフト をされているのでしょうか？
それとも、Jw_cad からではなく何らかの変換ソフトを利用されているのでしょうか？ 変換ソフト名は何でしょうか？
Jw_cad から印刷する場合はまず
寸法線の端点の黒丸は
寸法設定の「矢印・点色」で線色を決め、
設定≫基本設定≫色・画面 にて
プリンタ出力要素のほうの
線色毎の点半径を指定します。（mm指定）
https://afsoft.jp/jwtpn/index.php?id=011001
現在何をどのように設定しているのか分かりませんが
PDF変換ソフト側の解像度(DPI)の設定で変化するかもしれません。
もしかすると、JacConvert についての質問ですか？
もしそうなら、件名に「JacConvert」を記述して下さい。
以下、作者氏からのお願いの発言です。
https://www.farchi.jp/forum/viewtopic.php?showtopic=10649
Jw_cad 8.25a で点半径を線色毎に替えて JWW保存したものを
JacConvert 3.14q で開いてみましたが、まず、
開いた時の点の大きさは全て同じに見えます。
PDF変換の際の「PDF出力設定」での
「□JWWデータは印刷時線色・線太さで出力」のチェックをオフにしていると、そうなるようです。
その際、右横にある［設定］をクリックした設定内容が有効になるのか？と思いきや、その設定内容にはならないようです。
このチェックをオンにすれば、そのようにはなりません。
が、
Jw_cad で設定したはずの線色毎点半径の設定は、全く有効にはならないようです。線色１水色がやや小さくなり、それ以外はやや大きく全て同じ大きさになるようです。
これではおそらく点の大きさのコントロールは全く出来ないと思われますので、JacConvert を使うのではなく、Jw_cad から印刷→PDF出力ソフト でPDF作成されるのをおすすめします。
点の大きさはコントロールしない（全部同じで良い）、どうしても JacConvert を使う、という事であれば、「□JWWデータは印刷時線色・線太さで出力」のチェックをオンにして利用されると良いと思います。